Kunisaki Yukito es un viajero que siempre ha estado buscando a "una chica con alas que vuela por el cielo" que su madre llego a ver volando en el cielo cuando ella todavía vivía. Un día llega a una pequeña población costera con la necesidad de ganar algo de dinero con su "espectáculo" de marionetas. Ahí conoce a Misuzu, una chica extraña que, en un principio le da acogida en su casa, pero termina quedandose a vivir allí, por ello, llega a concer a otros peculiares personajes de este solitario e interesante pueblo. Una historia que lo lleva a casi recordar un pasado distante que lo relaciona con ella. Es aquí donde comienza una historia que termina en éste, su milésimo verano