La historia se centra en Hinamori Amu, una chica de 11 años de edad recientemente transferida al Instituto Seiyo Elementary. Debido a especulaciones de su vida personas y malentendidos con su actitud soberbia de “lobo solitario” todos la consideran cool & spicy (fresca y picante), pero en realidad ella es diferente de cómo todos la pintan: simplemente quiere reír en un grupo de amigos y ser una buena chica, pero su timidez interna se lo impide.

Una noche, Amu reza a su Espíritu Guardián, para pedirle fuerza y confianza en sí misma, pues quería convertirse en la chica que ella deseaba ser. Todo esto provoca que tres huevos de color rojo, azul y verde aparezcan en su cama al día siguiente, lo cual alarma a Amu, pero decide cuidarlos para ver qué ocurrirá con ellos. Cuando se abren, tres niñitas salen de ellos para ayudar a Amu a cumplir su sueño: Ran, Miki y Suu son sus Guardianes Chara, pequeñas representaciones de “mi verdadero yo”.

A partir de este momento, Amu conocerá a los Guardianes de la Academia Sieyo, chicos de su edad que también tienen Guardianes, y a los trabajadores de la Empresa Easter, codiciosos adultos que trabajan para el poderoso y desconocido Gozen y utilizan a Tsukiyomi Ikuto y Hoshina Utau para sus fines. Estos dos grupos enfrentados están detrás de una misma meta: El Embryo, conocido por ser el huevo que puede cumplir cualquier deseo. Amu deberá aprender a pelear Huevos X, aquellos Guardianes o Huevos de Guardián que se volvieron malas personalidades cuando sus dueños perdieron la fe en sus sueños y metas; controlar, comprender y poner en orden a sus adolescentemente alocados sentimientos; y darse cuenta de quién es realmente su enemigo o amigo, ya que las apariencias engañan.